القصة يتوجه ستة أفراد نينجا شباب في مهمة للدفاع عن جزيرتهم ومسقط رأسهم التي تُدعى (نينجاجو).. ليلاً، هم محاربون موهوبون، يستخدمون مهاراتهم وأسطول شاحناتهم الهائل لمقاتلة الأشرار والوحوش، ونهارًا، هم مراهقون اعتياديون، يكافحون ضد عدوهم الأعظم: مدرستهم الثانوية.