القصة في هذا الجزء يظهر شبيه القنفذ الأزرق (سونيك)، وهو قنفذ آخر ملقب بـ(شادو)، ويبدأ في استخدام أساليب ماكرة، معتمدًا على ذكاءه الشديد، مما يدفع (سونيك) و(ناكلز) و(تايلز) للاتحاد في سبيل التصدي له.